Ao realizar o processo de substituição (anulação) de CT-e, poderá ocorrer o alerta abaixo:
659 Rejeição: CT-e substituido não pode ter sido complementado
Essa rejeição ocorre pois o CT-e a ser anulado foi complementado (emitido um CT-e de complemento), o que o torna impossível de ser anulado, isso é uma validação da própria SEFAZ, como pode ser visto no manual de integração:
Mais informações em: https://www.cte.fazenda.gov.br/portal/exibirArquivo.aspx?conteudo=%20fajwzjK%20LM=